Неопубликованные документы из личного архива академика Ю.А. Орлова дают проследить перипетии многолетней борьбы Палеонтологического института АН СССР за право оставаться в ряду биологических учреждений союзной Академии наук - вопреки попыткам перевести его административным путем в состав Отделения геолого-географических наук. Этот шаг означал бы пересмотр исследовательской программы института в пользу прикладных задач и разрушение на иболее фундаментальных направлений его деятельности, связанных с развитие.» теоретической и эволюционной биологии в нашей стране. Необходимость отвести эту опасность, впервые возникшую для института в военные годы, встала со всей остротой уже перед его первым директором академиком А.А. Борисяком и вскоре легла на плечи сменившего его на этом посту Орлова. Последний был вы нужден противостоять угрозе фактической переориентации института вплоть до 1960 г., когда вопрос наконец был снят с повестки дня. Таким образом, Орлову пришлось непрерывно заниматься этой проблемой на протяжении большей части своего директорского срока.